L’aménagement de la crypte est décidé après la découverte des vestiges de la crypte romane en 1828. Autour de cette crypte ancienne, couverte d’un voûtement moderne et restaurée en 1839, sont aménagées toutes les autres salles souterraines.
(Reconstitution de la crypte romane avec ses voûtes par Camille Enlart)
Servant ainsi d’assise à l’église supérieure, la crypte reprend exactement ses dimensions et ses différentes parties que l’on retrouve de façon cloisonnée. L’abbé Haffreingue fit de la crypte le symbole de l’église « souffrante » en complément des églises « militante » et «triomphante », respectivement représentées par la nef et le dôme.
Relativement fréquentes aux époques carolingienne et romane, c’est-à-dire du 8e au 12e siècle, les cryptes sont ensuite très rares. Les très vastes cryptes du Panthéon à Paris, ancienne église Sainte-Geneviève, ou de Saint-Paul de Londres comptent parmi les rares exemples des temps classiques.